A Igreja Missão Aprisco começou, informalmente, em Belo Horizonte, em 23 de dezembro de 2012, no bairro Palmares, sob a liderança do pastor Eliodoro Mourão e sua esposa Sheila Mourão. Neste início, a igreja estava sob os cuidados e autoridade da Igreja Batista de Honório Gurgel/RJ. A missionária Maria da Conceição Souza e Silva estava sempre presente aos cultos, a partir de 2016, fazendo uma retaguarda de orações e bênçãos.

Alguns anos depois, ela foi organizada legalmente em 08 de fevereiro de 2020, na cidade de Montes Claros, pelo pastor Arley de Oliveira Neves. E ela continua com o mesmo ministério que recebeu do Senhor Jesus quando foi fundada: amor pelas almas perdidas.  

E ela nunca perdeu essa direção e comunhão estabelecidas pelo Senhor. Durante os cultos há a manifestação aberta e direta do Espírito Santo trazendo profecias, curas, libertações e revelações da parte de Deus.